애자일 방법론이 비판 받는 부분도 몇 가지 있다.
• 인간 중심 디자인이 어려워진다
애자일 방법론에서는 인간 중심 디자인을 실천하기가 쉽지 않다. 문제를 깊이 들여다보고 신중하게 정의할 시간이 충분하지 않기 때문이다. 눈앞의 출시와 스프린트에 집중하고 그때그때 결과를 평가하며 방향을 조정하기 때문에 향후 릴리스와 스프린트까지 내다보기 어렵다. 폭포수 방법론에서는 문제를 충분히 연구하고 이해할 시간이 일정에 포함되어 있다.
• 예측이 어렵다
제품을 개발하는 동시에 측정이 이루어지므로 작업 시간을 정확히 추정하기가 어렵다. 애초에 무엇을 만들지가 명확하게 정해지지 않은 경우가 많기 때문이다.
• 문서화가 부족하다
오늘의 출시에 집중하느라 문서 작업이나 인수인계에 소홀해질 수 있다. 그 결과 문서화가 대체로 부족하다.