문서 데이터베이스는 작업하는 문서 개수가 많아질수록 진가를 드러낸다. 일반적으로 비슷한 문서들은 컬렉션으로 묶는다. 문서 데이터베이스를 모델링하는 핵심은 문서를 어떻게 컬렉션으로 묶을지 결정하는 것이다.