패키지 계층 구조는 소스 파일에 있는 패키지 디렉티브로부터 구성된 별도의 구조라는 점에 유의하라. 소스 파일 트리와 패키지 계층 구조가 일치할 수도 있지만 꼭 그럴 필요는 없다. 예를 들어 소스 파일은 모두 한 디렉터리 아래에 있지만 각각이 서로 다른 패키지에 포함될 수도 있고, 한 패키지에 포함된 소스 파일들이 모두 서로 다른 디렉터리에 들어갈 수도 있다.

자바 vs. 코틀린 반면, 자바에서는 패키지 구조와 컴파일 대상 루트에 있는 소스 트리 디렉터리 구조가 같아야 한다. 둘의 경로가 다르면 컴파일 오류가 발생한다.

하지만 프로젝트의 여러 부분을 이동할 때 (쉽게 패키지로부터 파일 위치를 알 수 있어서) 좀 더 편하기 때문에 디렉터리와 패키지 구조를 동일하게 하는 편을 더 권장한다.