운영체제마다 사용하는 파일 시스템이 다릅니다. 윈도우 계열 운영체제에서는 FAT, NTFS를, 리눅스 계열 운영체제에서는 EXT4와 XFS를 주로 사용합니다.

파일 시스템은 저장 장치의 특성에 맞게 잘 선택해야 합니다. HDD나 SSD와 같은 저장 장치에는 FAT, NTFS, EXT4, XFS 등을 많이 사용합니다. 특정 저장 장치에 특화된 파일 시스템도 있습니다. 플래시 메모리에는 f2fs 같이 플래시 메모리에 적합하도록 개발된 파일 시스템을 사용합니다. 파일 시스템은 4.1 파일 시스템에서 더 자세히 설명합니다.