기본적으로 스프링 클라우드 컨피그 서버는 애플리케이션 구성 파일 안의 모든 프로퍼티를 평문으로 저장한다. 여기에는 데이터베이스 자격 증명 등 중요한 정보도 포함되어 있다. 중요한 자격 증명을 평문으로 소스 코드 저장소에 저장하는 것은 매우 나쁜 관행이다. 불행하게도 이 경우는 생각보다 훨씬 더 자주 발생한다.

스프링 클라우드 컨피그는 중요한 프로퍼티를 쉽게 암호화할 수 있는 기능을 제공하며, 대칭(공유 시크릿) 및 비대칭 암호화(공개/비공개) 키 사용을 지원한다. 비대칭 암호화는 현대적이고 더 복잡한 알고리즘을 사용하기 때문에 대칭 암호화보다 더 안전하다. 하지만 컨피그 서버의 bootstrap.yml 파일에 한 개의 프로퍼티만 정의하면 되므로 대칭 키를 사용하는 것이 더 편리할 때가 있다.