벡터에서 모든 원소가 같은 종류의 객체로 구성되었듯이 행렬에서도 마찬가지다. 따라서 관련 연산자 역시 마찬가지다. 어떤 부등식이 주어진다면 같은 크기의 논리형 행렬을 결과로 얻을 수 있다.
> m1 > 3
c1 c2 c3
r1 FALSE TRUE TRUE
r2 FALSE TRUE TRUE
r3 FALSE TRUE TRUE
벡터로 서브세팅할 때처럼 다음과 같이 크기가 동일한 논리형 행렬을 사용한다.
> m1[m1 > 3]
[1] 4 5 6 7 8 9