R 세션을 R 터미널을 이용하여 만들든 아니면 RStudio에서 시작하든 상관없이 항상 정해진 디렉터리에서 출발한다. R이 동작하고 있는 디렉터리를 R 세션의 작업 디렉터리(working directory)라고 한다. 하드 드라이브에 있는 다른 파일에 접근할 때 절대 경로(예를 들어 D:\Workspaces\test-project\data\2015.csv)를 사용하거나 현재 작업 디렉터리(D:\Workspaces\test-project\)에 대한 상대 경로(data\2015.csv)를 사용할 수 있다.

작업 디렉터리에 대한 상대 경로를 사용하면 파일 경로 자체를 변경하지 않아도 되고 명령도 더 짧아진다. 또 스크립트도 더 쉽게 이동할 수 있다. 어떤 디렉터리에 있는 여러 데이터 파일로 그래프를 만드는 R 스크립트를 작성한다고 가정해 보자. 디렉터리를 절대 경로로 사용한다면 다른 사용자가 자신의 컴퓨터에서 이 스크립트를 실행하려고 할 때 이 데이터 경로를 자기 하드 드라이브의 위치로 수정해야 한다. 그러나 디렉터리를 상대 경로로 지정하면 데이터가 동일한 상대 위치에 있을 경우 스크립트를 따로 수정하지 않아도 잘 동작한다.

R 터미널에서 getwd() 함수를 사용하면 현재 R 세션의 작업 디렉터리를 알 수 있다. 기본적으로 R 콘솔 창에서는 사용자 디렉터리에서 새로운 R 세션을 시작하고, RStudio는 사용자 문서 디렉터리에서 R 세션을 실행한다(운영 체제에 따라 조금씩 차이가 있을 수 있다).

RStudio에서는 기본값이 아닌 다른 디렉터리를 선택하여 R 프로젝트를 만들 수도 있다. 일단 R 프로젝트를 만들면 해당 프로젝트를 열 때마다 프로젝트 위치가 바로 작업 디렉터리가 된다. 따라서 상대 경로를 이용하여 프로젝트 디렉터리 안의 파일에 쉽게 접근할 수 있고, 프로젝트를 이동하기도 수월하다.