반면에 다음과 같이 정리된 디렉터리 구조는 훨씬 깔끔하며 좋다고 느낄 것이다.

project/
    - data/
        - household.csv
        - population.csv
    - graphics/
        - national-income.png
        - population-density.png
    - R/
        - utils.R
        - import-data.R
        - check-data.R
        - plot.R
    - README.md
    - NOTES.md

첫 번째 디렉터리 구조는 “디렉터리_이름/”과 “파일_이름.파일_확장자” 형태로 구성된다. 프로젝트가 점점 커지고 복잡해질수록 첫 번째 구조는 더욱 어지럽힌 상태가 되는 반면, 두 번째 구조는 여전히 정리 정돈이 잘된 형태이기 때문에 더 유용하다.

구조 문제와 별개로 일반적으로 프로젝트 소개를 담은 README.md 파일과 추가 기록을 담은 NOTES.md 파일을 만들어 보자. 이 문서들은 정말 단순한 구문을 사용하여 만든 마크다운 문서(.md)로, 간단한 마크다운 구문법을 익혀 두면 유용하다. 자세한 내용은 Daring Fireball 블로거의 마크다운 구문법 문서(https://daringfireball.net/projects/markdown/syntax)와 깃허브 도움말의 마크다운 베이직(https://help.github.com/articles/markdown-basics/)을 참고하자. 15장에서도 R과 마크다운 활용을 알아볼 것이다.

이제 작업 디렉터리가 모두 준비되었다. 다음 절에서 R 세션의 작업 환경을 면밀히 살펴보는 다양한 방법을 알아보자.