베이지안 네트워크는 개수에 많이 의존한다. 노드가 많을수록 네트워크의 개수는 더 많아진다. 앞의 예제에서 노드는 3개, 각 노드의 확률변수는 2개였다. 그러면 개수는 쉽게 계산할 수 있다.

2 × 2 × 2 = 8개

만약 네트워크에 노드가 12개 있고, 그중에 7개의 노드는 변수가 3개이고, 나머지 5개의 노드는 변수가 6개라면 다음과 같이 계산할 수 있다.

3 × 3 × 3 × 3 × 3 × 3 × 3 × 6 × 6 × 6 × 6 × 6 = 17,006,112개

n개의 변수를 가진 노드를 추가하여 계산하려면 컴퓨팅 성능이 드라마틱하게 상승해야 할 것이다. 따라서 네트워크 연산이 끝나 첫 결과를 얻으려면 시간이 걸린다.

베이지안 네트워크는 메모리 문제가 발생할 수 있으므로 프로그램 개발 시 유의해야 한다.